颗粒计数器能产生一束狭小而明亮的激光，光束与被检测的液体流向垂直，水体中的粒子阻挡入射光束，使光强度减弱，从而产生电压变化，产生脉冲信号，脉冲信号的多少反映了粒子的数量。颗粒计数器能实时反映出水中不同颗粒的粒径和数目，以及它们在水中分布状态(分段2～400μm表征粒子的数量)。该仪器比浊度仪敏感度高，更能反映水质的综合特征。

　　由于原水中的一些微生物如贾第鞭毛虫的包囊长8～12μm，宽7～10μm，隐胞子虫卵囊大小为4～6μm，用浊度仪难以准确反映实时的微生物量，而采用颗粒物计数仪则可一目了然地看到有关粒径范围的颗粒数，从而间接判断微生物的可能存在数量，为使用者提供是否存在生物污染的信息。

　　由于正常的抽样检测“两虫”的方法耗时长(约3～4d才能有结果)，不利于实时工艺控制。对于直饮水而言，水质风险的实时控制非常重要，因此颗粒计数仪的作用突显，虽然颗粒计数仪的数据不能直接表示两虫的数量，但指示了潜在风险值。目前我国《生活饮用水卫生标准》对贾第鞭毛虫、隐胞子虫的饮用水质标准均为<1个/10L，若采用颗粒计数方法，国际上通用的安全标准是滤后水中大于2μm的颗粒数小于50个/mL。